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据了解，当局在评鉴各校时的一个重要指标，是ＳＣＩ（科学论文引用索引数据库）与ＥＩ（工程论文引用索引数据库）等三种论文篇数相加后的总和。由于没有注意到ＳＣＩ与ＥＩ收录的期刊很多都重复，结果导致统计错误，造成以工学院为主的大学排名大幅提前，而“政治大学”等没有工学院的大学，排名则大幅落后。
对于这次排名的统计方式，岛内许多学校原本就存在诸多争议。而现在竟出现这种“低级错误”，招致了各界更大的不满。岛内“政治大学”在此次排行榜上只名列第四十八位。该校负责人日前发表声明说，这种所谓排名强行将比重、难度不同的论文种类进行相加，计算方式很不合理，完全未考虑各校特质差异性，是违反科学的粗暴行为。
还有一些学校批评说，这一评比对以人文学科见长的大学很不公平，评比中把用英文以外的语文撰写的论文排除在外，且没有将论文数与学校专任师资人数作平均，不能作为全面评比一个大学学术表现的完整指标。“当局的统计方法本来就已经不妥，现在又犯了重复计算的错误，已造成社会及学校的困扰。”
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