因内迁的北方游牧民族造反，建都洛阳的晋朝（西晋）亡国，琅琊王司马睿在群臣拥戴下在建康（今南京）即位，即晋元帝，史称东晋。东晋与之前的孙吴以及其后的宋、齐、梁、陈，合称为六朝。此外，史书中又仿东汉称中汉，称东晋为中晋，寓以晋室中兴之意；又东晋统治地区大部分在江东，古称江左，因此以江左代指东晋。当时北方多个游牧民族建立的政权连年征战，史称五胡十六国时期。
东晋虽然是司马氏政权的延续，但本身司马氏在政治上威望不高，整个朝廷都由世族大家把持。最初东晋有赖权臣王导主持大局，一方面拉拢江南士族，一方面又安排予从中原南下的士族，并以司马家族作为共同拥戴的对象。但世家大族本身并不真正忠于司马氏，尤其是他们本身都拥有大量田地，以至拥有自家部队（即所谓“部曲”），有足够实力抗衡司马氏政权。晋元帝以后则内乱频生，如早期王敦之乱、苏峻之乱，后期又有孙卢之乱等。元熙二年420年，刘裕篡位建立刘宋，东晋亡，中国历史进入南北朝时代。
从北方南迁的人民时常怀念家乡，因此一些有志之士多次进行北伐，希望能够收复北方的国土。祖逖是东晋率先北伐的将领，他曾经率军收复黄河以南地区，但由于东晋内部出现纠纷，朝廷又担心他北伐成功后威望太高，结果没有给予支持，以致功败垂成，祖逖忧愤而死，曾收复的土地又被胡人重新占领。
氐族所建立的前秦，在苻坚时，任用汉人王猛为相，大修政教，富国强兵。前秦强大起来，统一了五胡所据之华北大部分地区。383年，苻坚率军南下，声势浩大 ，企图一举消灭东晋，于是发生了历史上著名的“淝水之战”。淝水之战后，前秦瓦解，北方大乱，再次陷入长期分裂的状态，胡人无暇南侵。东晋以弱胜强，局势暂时稳定下来。
东晋的宗室和士族，经常争权夺利，人民生活相当困苦，以致盗贼四起。淝水之战后，南方人民暂获安定，但政治混乱和贪污腐败的情况，并没有改善。东晋大臣桓温死后，其子桓玄逼晋安帝禅位给他，改国号为楚，史称“桓楚”，刘裕起兵声讨，杀死桓玄，恢复东晋的统治。但刘裕自己有夺位的野心，终于在420年，废晋恭帝自立，改国号为宋，史称“刘宋”。东晋至此正式灭亡。
东晋偏安江南，士族大家个个富裕掌权，不忠于皇帝司马氏，皇帝多属傀儡，同时各士族之间常为了争权而北伐，并无单一世族能将司马氏取而代之，这是政治上特点。
东晋虽非中国史上政权强盛的时期，却为文学、艺术极兴盛的时代。首都建康成为文化中心，吸引许多东南亚、印度的佛教僧侣及商人前来。338年所铸造模仿罽宾的佛教模型，为今日所知最早的鎏金铜佛像。中国史上最具影响力的书法家王羲之活跃于此时期。东晋的陶器形式较西晋时期创新。南京富贵山曾挖掘出此时期的墓穴，根据史料记载，此处为东晋皇室墓葬的地点。
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